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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Café. |
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Data corrente: |
08/03/2016 |
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Data da última atualização: |
10/03/2016 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
YUYAMA, P. M.; REIS JUNIOR, O.; IVAMOTO, S. T.; DOMINGUES, D. S.; CARAZZOLLE, M. F.; PEREIRA, G. A. G.; CHARMETANT, P.; LEROY, T.; PEREIRA, L. F. P. |
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Afiliação: |
PRISCILA MARY YUYAMA, UEL; OSVALDO REIS JÚNIOR, UNICAMP; SUZANA TIEMI IVAMOTO, UEL/IAPAR; DOUGLAS SILVA DOMINGUES, IAPAR/UNESP; MARCELO FALSARELLA CARAZZOLLE, UNICAMP; GONÇALO AMARANTE GUIMARÃES PEREIRA, UNICAMP; PIERRE CHARMETANT, CIRAD; THIERRY LEROY, CIRAD; LUIZ FILIPE PROTASIO PEREIRA, SAPC. |
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Título: |
Transcriptome analysis in Coffea eugenioides, an Arabica coffee ancestor, reveals differentially expressed genes inleaves and fruits. |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
Molecular Genetics and Genomics, v. 291, n. 1, p. 323-336. 2016 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Studies in diploid parental species of polyploid plants are important to understand their contributions to the formation of plant and species evolution. Coffea eugenioides is a diploid species that is considered to be an ancestor of allopolyploid Coffea arabica together with Coffea canephora. Despite its importance in the evolutionary history of the main economic species of coffee, no study has focused on C. eugenioides molecular genetics. RNA-seq creates the possibility to generate reference transcriptomes and identify coding genes and potential candidates related to important agronomic traits. Therefore, the main objectives were to obtain a global overview of transcriptionally active genes in this species using next generation sequencing and to analyze specific genes that were highly expressed in leaves and fruits with potential exploratory characteristics for breeding and understanding the evolutionary biology of coffee. A de novo assembly generated 36,935 contigs that were annotated using eight databases. We observed a total of ~5000 differentially expressed genes between leaves and fruits. Several genes exclusively expressed in fruits did not exhibit similarities with sequences in any database. We selected ten differentially expressed unigenes in leaves and fruits to evaluate transcriptional profiles using qPCR. Our study provides the first gene catalog for C. eugenioides and enhances the knowledge concerning the mechanisms involved in the C. arabica homeologous. Furthermore, this work will open new avenues for studies into specific genes and pathways in this species, especially related to fruit, and our data have potential value in assisted breeding applications. MenosStudies in diploid parental species of polyploid plants are important to understand their contributions to the formation of plant and species evolution. Coffea eugenioides is a diploid species that is considered to be an ancestor of allopolyploid Coffea arabica together with Coffea canephora. Despite its importance in the evolutionary history of the main economic species of coffee, no study has focused on C. eugenioides molecular genetics. RNA-seq creates the possibility to generate reference transcriptomes and identify coding genes and potential candidates related to important agronomic traits. Therefore, the main objectives were to obtain a global overview of transcriptionally active genes in this species using next generation sequencing and to analyze specific genes that were highly expressed in leaves and fruits with potential exploratory characteristics for breeding and understanding the evolutionary biology of coffee. A de novo assembly generated 36,935 contigs that were annotated using eight databases. We observed a total of ~5000 differentially expressed genes between leaves and fruits. Several genes exclusively expressed in fruits did not exhibit similarities with sequences in any database. We selected ten differentially expressed unigenes in leaves and fruits to evaluate transcriptional profiles using qPCR. Our study provides the first gene catalog for C. eugenioides and enhances the knowledge concerning the mechanisms involved in the C. arabica homeologous. Furthe... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Differentially expressed genes; Gene annotation; Homeologous; RNA-seq. |
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Thesaurus Nal: |
Coffea. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/140757/1/Transcriptome-analysis-in-coffea.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Café (CNPCa) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
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Registro |
Volume |
Status |
URL |
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Soja. Para informações adicionais entre em contato com valeria.cardoso@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Soja. |
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Data corrente: |
11/12/2003 |
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Data da última atualização: |
21/11/2005 |
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Autoria: |
ANDRADE, D. S.; MATOS, M. A.; COLOZZI FILHO, A.; HUNGRIA, M.; BALOTA, E. L. |
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Título: |
Ocorrência e diversidade de estirpes de rizóbios em sementes de feijão. |
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Ano de publicação: |
2003 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA, 22., 2003, Florianópolis. [Resumos]. Florianópolis: Sociedade Brasileira de Microbiologia, 2003. |
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Descrição Física: |
1 CD-ROM |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Seção: Microbiologia de Solos. |
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Conteúdo: |
Os objetivos deste trabalho foram avaliar a ocorrência na superfície de sementes de feijão de bactérias capazes de formar nódulos e fixar N2 em plantas de feijoeiro, e, caracterizar morfológica e geneticamente estas estirpes. Sementes certificadas de feijão de diversos cultivares e grãos provenientes dos Estados do Paraná, Minas Gerais e São Paulo foram avaliadas quanto à presença de rizóbio no tegumento. De 32 amostras de feijão avaliadas, em condições assépticas, observou se presença de rizóbio (nodulação) em 11 amostras de grãos comercializados e em uma amostra de semente certificada (cultivar IAPAR44). O número médio de nódulos por planta variou de 1,5 a 45. Observou-se nodulação variável quanto à coloração interna dos nódulos (vermelha intensa a branca) e o tamanho variando entre 1 a 5mm de diâmetro. Do isolamento dos nódulos obteve-se 103 estirpes de rizóbio, que apresentaram características de colônias variadas (tamanho, textura, aparência e produção de goma). Dessas estirpes, 62 foram analisadas pela técnica do PCR (Polymerase Chain Reaction)-RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) utilizando "primers" que codificam a região intergênica entre o 16S rRNA e 23S rRNA . As sub-populações de rizóbios presentes nas sementes de feijão analisadas nesse estudo mostraram variabilidade genética das estirpes, confirmando a alta diversidade do simbionte do feijoeiro. Estes resultados têm importância prática nos estudos de dispersão e diversidade de populações naturalizadas de bactérias fixadoras de nitrogênio. MenosOs objetivos deste trabalho foram avaliar a ocorrência na superfície de sementes de feijão de bactérias capazes de formar nódulos e fixar N2 em plantas de feijoeiro, e, caracterizar morfológica e geneticamente estas estirpes. Sementes certificadas de feijão de diversos cultivares e grãos provenientes dos Estados do Paraná, Minas Gerais e São Paulo foram avaliadas quanto à presença de rizóbio no tegumento. De 32 amostras de feijão avaliadas, em condições assépticas, observou se presença de rizóbio (nodulação) em 11 amostras de grãos comercializados e em uma amostra de semente certificada (cultivar IAPAR44). O número médio de nódulos por planta variou de 1,5 a 45. Observou-se nodulação variável quanto à coloração interna dos nódulos (vermelha intensa a branca) e o tamanho variando entre 1 a 5mm de diâmetro. Do isolamento dos nódulos obteve-se 103 estirpes de rizóbio, que apresentaram características de colônias variadas (tamanho, textura, aparência e produção de goma). Dessas estirpes, 62 foram analisadas pela técnica do PCR (Polymerase Chain Reaction)-RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) utilizando "primers" que codificam a região intergênica entre o 16S rRNA e 23S rRNA . As sub-populações de rizóbios presentes nas sementes de feijão analisadas nesse estudo mostraram variabilidade genética das estirpes, confirmando a alta diversidade do simbionte do feijoeiro. Estes resultados têm importância prática nos estudos de dispersão e diversidade de populações naturalizada... Mostrar Tudo |
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Registro original: |
Embrapa Soja (CNPSO) |
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